El descubrimiento de América hay que verle como un acontecimiento que alberga en un su seno un cúmulo de situaciones nuevas, que obligaron sin duda a agudizar el ingenio de los políticos, juristas filósofos para dar respuestas inmediatas a los problemas nuevos que se iban planteando.
Había que clarificar cuestiones de gran envergadura y había que hacerlo con urgencia. Entre otras, la referente a la legitimación de la conquista de estos territorios. Los mismos conquistadores, parte al menos, tenían sus dudas sobre el tema, alimentadas por Montesinos y Bartolomé de las Casas. Las mismas Leyes de Burgos promulgadas por los Reyes Católicos responden a esta preocupación. España fue de los pocos países, por no decir el único, en el que el mismo poder real favoreció y promovió encuentros con filósofos para clarificar cuestiones de esta naturaleza.
La leyenda negra habla de etnocidio, de genocidio cultural y algunas acusaciones más que resultan disparatadas. La realidad histórica no es como nos la quieren pintar algunos historiadores. En honor a la verdad hay que comenzar diciendo que España ni siquiera impuso a los indígenas la lengua Castellana, sino que fueron los misioneros los que con mil esfuerzos y dificultades tuvieron que aprender las lenguas y dialectos de los indígenas. Revelador a sí mismo es el hecho de que ante la dificultad de gobernar un territorio tan extenso fragmentado en múltiples lenguas y dialectos, el Consejo de Indias solicitó del emperador la unificación de la lengua a favor del Castellano; a lo que Felipe II respondió: "No parece conveniente forzarlos a abandonar su lengua natural: sólo habrá que disponer de unos maestros, para los que quieran aprender, voluntariamente nuestra idioma". ¿El respeto por la lengua no es la mejor garantía de respeto para el resto de manifestaciones culturales de los pueblos?
En otro orden de cosas hay que decir también que hablar en términos negativos de la filosofía política de los colonizadores no deja de ser un error. El profesor de historia de Norteamérica, William S. Maltbi manifestaba en 1971 que ningún historiador que se precie, puede hoy tomar en serio las denuncias injustas y desatinadas de B. Las Casas". Las estructuras políticas y jurídicas estuvieron sometidas a una severa autocrítica y hubo encendidas polémicas, hasta el punto de que las objeciones de conciencia llegaron incluso a la corona, caso, por cierto no muy frecuente en la historia de los pueblos.
Una de las primeras expresiones de este debate lo tenemos en la polémica mantenida entre Bartolomé de las Casas y Ginés de Sepúlveda. Las discusiones acerca del hombre americano en los años que siguieron a la conquista, adquirieron una cierta altura filosófica. Fr. Bartolomé de las Casas, lejos de ser silenciado, se le tomó en serio, demasiado en serio, según algunos, sus propuestas fueron escuchadas y tenidas en cuenta por la Corona incluso para que gozara de más autoridad, Carlos V mandó que se le nombrara obispo a este defensor a ultranza de los indios; con ello queda claro que los abusos que pudo haber por parte de algunos particulares, no estuvieron respaldados sino que fueron perseguidos por la corona y por las instituciones.
Se creó un Centro de juristas que pudo contar con las inestimables aportaciones de la Escuela de Salamanca donde se comienzan a vislumbrar las exigencias del Derecho Natural. Estamos asistiendo a la aparición de la que podríamos llamar antropología americana. Con la Escuela de Salamanca surge una nueva filosofía política que tiene en cuenta la humanidad y dignidad de los indios, mostrando que es un craso error la supuesta inferioridad natural de los mismos.
La condición de seres humanos era de donde habría que partir a la hora de hablar de un trato justo a los indios. Con la escuela de Salamanca la escolástica abandona pueriles y abstractas discusiones para preocuparse por dar solución a temas prácticos de palpitante actualidad con apuntes y anotaciones que estaban llamados a ser los puntales de una filosofía política de un nuevo orden internacional
Entre estos pensadores de Salamanca hay que destacar por merecimientos propios a Francisco de Vitoria; él estaba llamado a ser uno de los filósofos más implicados en esta problemática, hasta el punto de que acabaría siendo el diseñador de una filosofía política con vocación de universalista, el sería promotor de la formulación de unas normas garantes de los derechos naturales, que tendrían como sujetos a los indios, por encima de la autoridad de los reyes de España. Hombres como Vitoria asumen el reto de plasmar una nueva concepción filosófico-política capaz de hacer viable la nueva situación originada con el descubrimiento de América.
En la Relectio de Indis, que sus discípulos se encargan de redactar sirviéndose de los apuntes tomados en clase, queda expuesta la doctrina del maestro. Ideas que hoy parecerían normales y de uso corriente no lo eran en aquel tiempo, dominados por ideas absolutistas y hubo que esperar mucho tiempo para que fueran abriéndose paso. Al fin la proclamación de los derechos humanos en el siglo XX y la creación de los sistemas de protección de los individuos vendría a dar la razón a este ilustre español, pionero del derecho internacional.
La genialidad del sistema político ideado por Vitoria descansa en la igualdad humana, idea esta fundamental de la antropología de la escuela salmantina. Precisamente por estar fundamentado en la universalidad de la naturaleza, el derecho de gentes inaugurado por Vitoria estaba llamado a ser la base por el que se deberían regular las relaciones entre los pueblos, también de estos que acababan de ser descubiertos.